ในเขตจังหวัดปราจีนบุรีปรากฏการตั้งถิ่นฐานของชุมชนสมัยโบราณเมื่อประมาณ 2,000 – 2,500 ปี มาแล้ว ซึ่งตรงกับสมัยก่อน ประวัติศาสตร์ตอนปลายถึงสมัยก่อนประวัติศาสตร์ (Proto-history) ที่แหล่งโบราณคดีบ้านกระทุ่มแพ้ว ตำบลกระทุ่มแพ้ว อำเภอ บ้านสร้าง บ้านหนองอ้อ ตำบลดงพระราม อำเภอเมือง และบ้านดงชัยมัน ตำบลประจันตคาม อำเภอประจันตคาม

โบราณคดีที่พบ ได้แก่ ลูกปัดแก้วแบบอินโด – แปซิฟิก สีต่าง ๆ ลูกปัดหินคาร์เนเลียน หินอะเกตและหินควอตซ์ เครื่องมือเหล็ก ซึ่ง แสดงให้เห็นถึงการติดต่อสัมพันธ์กับชุมชนโบราณใกล้เคียงและอินเดีย โดยเฉพาะที่บ้านดงชัยมันได้พบชิ้นส่วนกลองมโหระทึกซึ่งเป็น โบราณวัตถุในวัฒนธรรมดงซอน เกี่ยวข้องกับพิธีกรรมซึ่งพบทางตอนใต้ของจีน และในภูมิภาคเอเชียตะวันออกเฉียงใต้รวมทั้ง ประเทศไทย

บริเวณที่ตั้งเมืองโบราณศรีมโหสถ ตำบลโคกปีบ อำเภอศรีมโหสถ สันนิษฐานว่าน่าจะเป็นชุมชนมาก่อนพุทธศตวรรษที่ 11 ในชุมชน บริเวณดังกล่าวรวมตัวกันเป็นกลุ่มเกษตรกรเป็นกลุ่มหมู่บ้านเกษตรกรรม มีการติดต่อค้าขายแลกเปลี่ยนกับวัฒนธรรมภายนอก แต่ยังไม่มีการสร้างเมืองที่มีคันดิน คูน้ำล้อมรอบชุมชน ในระยะนี้อาจมีความสัมพันธ์กับอาณาจักรฟูนัน และมีการแลกเปลี่ยนค้าขาย กับนักเดินเรือจากต่างประเทศ หลักฐานที่พบแสดงอิทธิพลวัฒนธรรมฟูมันและอิทธิพลวัฒนธรรมอินเดียแบบอมราวดี หลักฐาน สำคัญที่พบ ได้แก่ ภาพสลักนูนต่ำและประติมากรรมบางชิ้นที่พบในบริเวณนี้คือภาพมกรหรือเหราบางตัวที่ขอบโบราณสถานสระแก้ว มีลักษณะคล้ายมกรในศิลปะอินเดียแบบคุปตะ ส่วนประติมากรรมบางชิ้น ได้แก่ พระพุทธรูปที่พบในบ่อน้ำหน้าอาคารรอยพระบาทคู่ และจากการค้นพบเครื่องมือหินขัดทำให้พออนุมานได้ว่าชุมชนดังกล่าวน่าจะมีความสัมพันธ์กับชุมชนก่อนประวัติศาสตร์ที่พบตาม แนวชายฝั่งทะเลเดิม บริเวณลุ่มน้ำบางปะกงแถบจังหวัดชลบุรี ซึ่งเริ่มมีถิ่นฐานเมื่อประมาณ 5,000 – 1,400 ปี มาแล้ว

สรุปได้ว่าการตั้งถิ่นฐานของมนุษย์เริ่มแรกในเขตจังหวัดปราจีนบุรี เป็นสังคมสมัยก่อนประวัติศาสตร์ตอนปลาย ที่มีเทคโนโลยีค่อน ข้างสูงในการดำรงชีวิตคือการรู้จักใช้เครื่องมือเหล็กและการรู้จักใช้วิธีกักเก็บน้ำ ต่อมาสภาพสังคมและเศรษฐกิจมีความสลับซับ ซ้อนมากขึ้นจนเข้าสู่พุทธศตวรรษที่ 6-10 ได้รับวัฒนธรรมภายนอกและเข้าสู่สมัยประวัติศาสตร์ พัฒนาเป็นชุมชนหรือเมืองที่รู้จัก กันในชื่อว่า กลุ่มวัฒนธรรมทวารวดี มีอายุในช่วงพุทธศตวรรษที่ 12-19

การเกิดบ้านเมืองในสมัยประวัติศาสตร์ระหว่างพุทธศตวรรษที่ 12-19 แบ่งจังหวัดปราจีนบุรีออกเป็น 2 ช่วง

ช่วงแรกมีความเจริญรุ่งเรืองและพัฒนาการเป็นบ้านเมืองร่วมสมัยกับกลุ่มบ้านเมืองทวารวดีในบริเวณภาคกลางของประเทศมีอา ยุระหว่างพุทธศตวรรษที่ 12-16 และช่วงที่ 2 เป็นการอยู่สืบเนื่องต่อจากช่วงแรกแต่สภาพสังคม การเมือง การปกครองได้เปลี่ยน แปลงไปจากเดิม เชื่อว่าช่วงเวลาดังกล่าวนี้ได้รับวัฒนธรรมเขมรโบราณเข้ามา มีการผสมผสานกับวัฒนธรรมทวารวดีที่เคยรุ่งเรือง มาก่อน