พิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ ปราจีนบุรี เป็นพิพิธภัณฑ์ที่รวบรวมโบราณวัตถุจากแหล่งโบราณคดีในภาคตะวันออกของไทย รวมถึงจังหวัดใกล้เคียง โดยแบ่งพื้นที่จัดแสดงออกเป็น 5 โซนหลัก:
- ห้องประวัติศาสตร์และโบราณคดีภาคตะวันออก - แสดงเรื่องราวประวัติศาสตร์และโบราณคดีของภูมิภาคนี้
- ห้องชุมชนโบราณในภาคตะวันออก - นำเสนอเกี่ยวกับชุมชนโบราณที่เคยตั้งอยู่ในพื้นที่
- ห้องพัฒนาการของชุมชนและเมืองโบราณในภาคตะวันออก - สะท้อนวิวัฒนาการของชุมชนและเมืองโบราณ
- ห้องวัฒนธรรมลุ่มน้ำบางปะกง - แสดงวัฒนธรรมที่เกี่ยวข้องกับลุ่มน้ำบางปะกง
- ห้องเมืองศรีมโหสถนครรัฐแรกเริ่มแห่งลุ่มน้ำบางปะกง - เล่าเรื่องราวของเมืองโบราณศรีมโหสถ ซึ่งเป็นนครรัฐแรกในลุ่มน้ำบางปะกง
พิพิธภัณฑ์นี้เปิดโอกาสให้ผู้ชมได้เห็นและศึกษาวัตถุโบราณที่มีอายุหลายพันปี